重庆市的软件著作权办理流程与其他地区类似，需要经过以下几个步骤
一、准备材料
1.软件著作权申请书
2.软件著作权登记申请表
3.软件著作权登记申请表附表
4.软件著作权作品说明
5.软件著作权作品源程序
二、网上填写申请表
在准备好上述材料之后，需要在国家版权局网站上进行软件著作权登记的网上申请。填写申请表时，需要按照要求填写软件的基本信息、著作权人信息、作品说明等等。
三、提交申请材料
填写完申请表之后，需如果要把申请材料递交给国家版权局进行审核。递交材料的方法可以是邮寄或者是亲自前往国家版权局递交。
四、等待审核
国家版权局会对递交的软件著作权申请材料进行审核，一般需要等待2个月左右的时间。
五、得到著作权证书
如果审核通过，著作权局会颁发著作权证书，证明此软件得到了著作权保护。
总的来说，想要办理重庆市的软件著作权，需要准备好相关材料，并且按照规定的流程进行申请。在等待审核期间，需要耐心等待，如果审核通过，就可以得到著作权证书。